特定のディレクトリ以下のファイルの文字コード&改行コードを一括で変換する

findコマンドと、nkfコマンドを組み合わせます。

find . -type f -name "*.js" -exec nkf -w -Lu --overwrite {} \;

この場合、カレントディレクトリ以下のjsファイルの文字コードをUTF-8, 改行コードをLFに置換しています。
ちなみに、"\;"の前に半角スペースがないと、うまく実行されないので、スペースを挿入するのを忘れないでください。